六十多年来，广泛开展对外合作交流，先后同美国、加拿大、英国、德国、日本、法国等国家以及世界卫生组织、世界银行、联合国儿童基金会等国际组织进行合作，共接待50多个国家和地区约600多位专家学者来访。近5年，开展国际合作项目28项，派出94人次赴国外学习。先后有5位引智项目的外国专家获得四川省政府颁发的“金顶奖”，2位专家获得国家授予的“友谊奖”，促进了四川疾病预防控制事业的发展。

中心是中国疾病预防控制中心现场流行病学、全国艾滋病防治区域培训两个国家级培训基地、省现场流行病学培训基地；美国加州大学、科罗拉多大学、弗罗里达大学、法国孔泰大学、日本旭川医科大学的博士生实习点；四川大学华西公共卫生学院、四川师范大学、西南医科大学等7所国内院校的教学实习基地，有25名专家被四川大学华西公共卫生学院聘为兼职教授或副教授。

1953年11月苏联专家科夫里金娜在四川省卫生防疫站进行学术交流。

1984年泰国教育考察团在四川省卫生防疫站参观学习。

1992年联合国儿童基金会官员在四川省卫生防疫站检查《生命知识》传播合作项目。

1994年联合国儿童基金会项目官员与专家在四川作消涂碘缺乏病评估。

 1995年四川省人民政府副省长李进（左3）会见日本JICA项目官员。

1996年世界卫生组织官员余森海教授（右1）考察丹棱县健康促进学校项目。

一九九六年四川省卫生防疫站与香港大学合作开展流感监测项目。

1998年四川省寄生虫病防治研究所与美国加州大学合作实施血吸虫病防治项目。

2000-2004年与菲律宾合作实施食物与营养规划项目。

2001年四川省寄生虫病防治研究所与新西兰合作实施包虫病项目。

2004年四川省疾病预防控制中心与国际防痨与肺部疾病联合会合作开展结核病控制项目。