地方性氟中毒，简称地氟病，是在特定的地理环境中发生的一种地球化学性疾病。它是在自然条件下，人们长期生活在高氟环境中，主要通过饮水、空气或食物等介质，摄入过量的致病因子--氟而导致的全身慢性蓄积性中毒，临床上主要表现为牙齿和骨骼的改变。四川省曾是地氟病严重流行区之一，燃煤污染型氟中毒分布在10个市（州）23个县（市、区），饮水型氟中毒分布是6个市（州）12个县（市、区），饮茶型地氟病分布在3个市（州）30个县（市、区）。全省在病区采取了改炉改灶、降氟改水、推广低氟砖茶、健康教育等多项综合防治措施，取得较好的防治成效。2020年饮水型地方性氟中毒病区8个县达到控制标准，4个县防治措施达到控制标准；2021年燃煤污染型地方性氟中毒23个病区县全部达到消除标准；饮茶型地氟病病区防治措施正在逐步落实中。2022年，全省地氟病继续保持上述状态。

地方性砷中毒，简称地砷病，是一种生物地球化学性疾病；是居住在特定地理环境条件下的居民，长期通过饮水、空气或食物摄入过量的无机砷而引起的以皮肤色素脱失或/和过度沉着、掌跖角化及癌变为主的全身性的慢性中毒。我省2个州3个县有高砷区。全省在高砷区进行了改水，用符合国家生活饮用水卫生标准的新水源取代原有的高砷水，同时大力开展健康教育，防治成效显著。2020年3个高砷水县达到消除标准，2022年继续保持消除状态。

一九八三年专业人员在道孚县开展茶水中氟的监测。

从1985年开始，国家投放大量资金为地氟病病区进行改炉改灶，制定了一系列的管理办法、技术规范和督查方案，使我省地氟病病区的病情大幅度下降

一九九五年专业人员在兴文县开展氟骨症调查。

各级政府高度关注地氟病，从中央到地方投入大量人力、财力， 图为2005年地氟病项目启动会

2018年地病所在壤塘县开展“改变生活方式、防治饮茶型地氟病”行动试点项目健康教育试点，向居民免费发放低氟砖茶

2020年氟骨症患者治疗启动，甘孜州乡镇卫生发放治疗药品

2020年在金川县开展饮水型砷中毒消除达标省级考核验收，考核组入户调查地砷病病情

2023年科技部国家重点研发计划项目“暴露健康损害效应与氟中毒早起识别研究”在阿坝州若尔盖县开展现场工作，哈尔滨医科大学、省疾控中心地病所、阿坝州疾控中心、若尔盖县疾控中心及乡镇卫生院共同参与

2023年国家重点研发课题“川藏铁路沿线地方病分布规律、风险评估及控制技术研究”在理塘县开展调查，地病所等部门共同参与