中心于2006年正式成立应急管理办公室，建立卫生应急工作领导小组，并于2016年挂牌四川省卫生应急专家咨询委员会公共卫生专家组办公室。2020年中心在原有的传染病控制、异常接种反应处置、核与辐射医学救援、不明原因疾病处置、食物中毒和职业中毒处置6只卫生应急队的基础上重新整合组建72人四川省急性传染病防控队（包含四川省疾控中心高原队），省内外发生重大或者特殊突发公共卫生事件时负责事发地卫生防疫、突发疫情控制等工作。

中心现有各类突发公共卫生事件应急处置方案40余个，建立卫生应急物资专用库房，常备队伍保障用品、卫生防护用品、消杀用品、检验检测仪器、试剂耗材等6大类，200余种。定期开展省级卫生应急综合演练和省市联合应急演练，每年组织全省开展各类突发公共卫生事件应急能力培训，依托“一体两翼”的卫生应急工作思路，举办应急技能竞赛，极大提升了卫生应急专业人员的综合素质和快速反应能力。

2018年至今，中心累计派出206批次，1101人次应急队员参与160余起各级各类突发公共卫生事件应急处置。其中28批次117人次前往广西、福建、甘肃、海南、新疆和西藏自治区等地以及2批次3人次前往意大利、埃塞俄比亚、吉布提等国家支援，获得了兄弟省份的衷心感谢和友好邻邦的荣誉勋章。

2003年2月我省广元市出现首例“非典”病人时，中心有关领导和专家迅速赶赴广元处置疫情。

“非典”流行时期，四川省疾病预防控制中心专家及时地投入到战斗中去。

2004年达州遭遇洪灾，中心防疫人员指导当地消毒工作，为大灾之后无大疫提供技术保障。

2005年7月中心向卫生部部长高强、四川省副省长刘晓峰等领导汇报四川省人感染猪链球菌病控制工作的情况

2005年7月，中心应急队成员处置人感染猪链球菌病疫情，在资阳疫区采样。

2005年7月中心人感染猪链球菌病卫生应急人员在资阳市医院了解患者病情。

2005年7月中心人感染猪链球菌病卫生应急人员处置人感染猪链球菌疫情

2012年攀枝花不明原因猝死事件（现场调查）

2012年应急队现场处置理塘鼠疫疫情中心

2012年理塘鼠疫疫情（设置隔离区）

2013年芦山地震灾后防病工作（现场水样监测）

4.20庐山地震给灾民进行健康教育

4.20庐山地震中疾控王宇主任现场指导

4.20庐山地震中心应急队人员在艰苦环境下坚持工作

2015年中心派出专家参加尼泊尔地震防疫队

2017年九寨沟地震灾后防病工作（队伍集结出发）

2017年九寨沟地震灾后防病工作（现场指导）

2017年九寨沟地震灾后防病工作（现场病媒生物监测）

2017年九寨沟地震灾后中心领导现场了解灾情

2017年九寨沟地震灾后防病工作（在安置点开展震后防病知识宣传）

中心领导及相关部门在双流国际机场专家组送行

四川援非健教队员与几比卫生部长及我使馆商务参赞合影

2019年派员支援宜宾长宁县地震

2020年派员前往湖北支援抗疫

2020年支援西藏处置疫情

2021年指导泸县地震灾后防疫工作

2022年支援广西抗疫

2022年指导隔离场所新冠疫情防控

2023年四川省疾病预防控制处置资阳禽流感

2023年四川急性传染病防控队开展登革热防控联合应急演练