中心建有口岸疫病疫情监测省重点实验室、疾病监测与数智健康治理重点实验室，建成重大传染病和地方病数据库（平台）1期，获选国家人体生物监测项目重点实验室等多个实验平台。

CX4全自动生化分析仪

VITEX32全自动微生物分析系统

液相色谱仪

消毒实验室

气相色谱－质谱联用仪

离子色谱仪

脊髓灰质炎实验室

HIV抗体确认实验室

尿碘实验室